间充质干细胞是一种具有自我复制能力和多向分化潜能的成体干细胞，口腔干细胞属于间充质干细胞的一种。随着对间充质干细胞的研究深入，人们发现口腔干细胞还具有其他功能。最初发现其可对过度的炎症反应起到抑制作用，并且对系统性红斑狼疮等多种自身免疫性疾病，口腔干细胞也可以产生较好的疗效。迄今为止，口腔干细胞已经能够干预治疗200多种疾病。近年来发现，口腔干细胞还具备免疫调节作用。

科学研究发现，在器官移植的过程中，急性免疫排斥产生的过程主要机制是通过受者T细胞表面的MHC分子识别供体移植物的同种异体抗原。受者T细胞识别供抗原要么通过识别迁移到移植物外的供体APC表面上完整的MHC肽复合物，要么识别在自身MHC分子的环境下通过受体的APC递呈加工后的肽。这种直接的同种异体识别通路依赖短寿命的供体APC，在引起适应性免疫应答中起主导作用，并导致大量T细胞的活化。

研究结果表明，间充质干细胞通过多种机制和通路干扰了多个效应细胞的功能，包括树突状细胞、幼稚和记忆CD4 +和CD8+ T细胞、B细胞和巨噬细胞，并且还可以促进Treg细胞、Breg细胞和调控巨噬细胞的产生。因此，以口腔干细胞为代表的间充质干细胞能对免疫排斥反应起到抑制作用。

口腔干细胞的这种免疫调节作用，在再生医学迅速发展的今天，具有极其重大的意义。造血干细胞移植、器官移植等，在异体移植的过程中或多或少会产生免疫排斥反应。如果在移植过程中，用口腔干细胞等间充质干细胞进行辅助治疗，能大大降低免疫排斥反应的出现，从而提高移植的成功率。此外，以口腔干细胞为代表的间充质干细胞本身具有多向分化为多种人体细胞的能力，因而其具有再造人体器官和组织的潜能——以间充质干细胞培育再生牙成功的案例即是一个很好的例子，因而在将来，当科技发展到一定程度，可以使用间充质干细胞再造更多人体器官的时候，用免疫原性低，且具有免疫调节作用的口腔干细胞培育成的人体器官，将能带给更多患者健康的曙光。